Ну, по моему, проблема с булыжниками несколько преувеличена. Достаточно раскопать побольше, сделать там склад камней, и прикрутить к нему пару тележек - свободные носильщики постепенно перетаскают всё.
По крайней мере серьезных проблем, чтобы камни прям мешали, у меня никогда не бывает. А квантовыми складами не люблю пользоваться
п.с. совет - сначала сделать склад, на котором не настроено ничего, привязать к нему тележки, и только потом включать на складе камни. У меня бывало, что при разметке каменного склада создавались работы по переноске на него камней, ещё до того как я включал тележки (игра, кстати, была на паузе), и в итоге куча дварфов начинала вручную нести на него камни, в итоге надолго выпадали из дела.