Как бы алгоритм такой: построить стенки, чтобы ограничить потоп, устранить протечку, откачать воду.
Если климат холодный - подождать пока река замерзнет и тогда построить пол в месте протечки. Если близко есть лава - залить реку лавой, а потом прокопать русло заново. Если есть водоносный слой или пещера, уходящая за карту - можно поток отвести туда (предусмотрев шлюзы заранее) и восстановив крепость вернуть поток в русло.