Dfhack тебе в помощь. d-b-d (игра) чтобы дампнуть зону, autodump (dfhack) чтобы принести всё дампнутое к курсору
...
Ну а вообще не мешает сохраниться перед тем как. Всё-таки читерство это 
P.S. А вообще-то вещи телепортируются всё-таки не внутрь стены а в тот тайл, на котором при разборке стоял рабочий. Чаще всего - это земля и проблем возникать не должно - вещи остаются прямо там, реже - это лестницы, и тогда вещи падают вниз, ещё реже - в тайл разобранной конструкции, где поступают в соответствии с физикой - падают вниз, если могут или остаются лежать, если падать некуда.
Нашел винт через Stocks. Упал в яму к воде. Кстати, конструкций там или сверху отродясь не было, тайл предназначен для выкачки воды. Поскольку дварфы летать не умеют и разбирающий стену там стоять не мог - не всегда вещи телепортируются так, как Вы пишете, увы.
autodump, к сожалению, тоже бессилен: винт на дне ямы существует только по бухгалтерии, его можно запретить, отметить на мусор, но не разглядеть через k или переместить. Крепость обречена. Good night, Sweet Prince.
По поводу сохранения - а зачем? Мне дварфы с укором потом в глаза за читование смотреть будут?

Так у меня чистая совесть: я пытаюсь хоть как-то пробиться через корявую реализацию. В миттельшпиле мне чхать на винты, я себе сто других сделаю, а сейчас - это приговор...
Zorg56, значит - крепость не так герметична, как Вам кажется. Может эти твари карабкаться умеют? У меня снаружи карнавал нежити, но единственный вход закрыт дверью и залеплен стеной. Внутри - никого и в помине нет. Может стоит и Вам тотально уйти под землю и посмотреть, сохраняется ли проблема?