1) Колесо ставится рядом с механизмом само колесо должно висеть над водой, желательно всеми 3-мя клетками.
как-то так
X
X*
Х
Где Х - колесо, * - любой механизм (для начала попробуй с Gear)
прямо под колесом должна быть вода не меньше 4 единиц, что-бы колесо заработало должно быть течение. (т.е. вода более 4 единиц должна куда-то течь

)
2) Насколько я понимаю механику игры

предполагается что размечается комната только на 1 этаже.
Копать много-этажные каналы нужно сверху вниз, от центра к краям - что-бы не получилась ситуация когда есть центральные тайлы ничем не удерживаемые.
2-рой способ копать большие многоэтажные комнаты, это с помощью рычагов и колонн (Support) устраивать контролируемые обвалы.
Делается примерно так:
1. выкапываешь самый нижний уровень комнаты (обязательно под этим уровнем должна быть стена иначе обвал пробьет полы), в ставишь колонну (Support) что-бы она поддерживала потолок, цепяешь к ней рычаг. после чего каналами откапываешь по краям и сверху тот куб который нужно обвалить. выгоняешь дварфов с опасной зоны

и дергаешь рычаг.
2.1) нет т.к. разметка комнаты в пределах 1 уровня идет.
3) Murky Pool это тип земли

если на него капает вода во время дождя она превращается в 1-ку воды

. такой землей отмечены озера, если хочешь тут построить ферму, тебе надо построить на нем свержу пол (Floor) на пол налить воды(что-бы стал Mud) после чего строить ферму.
обычно я копаю комнату 10х10 рядом с любым озером и выкапываю 1 клеточку из озера, что-бы оно залило будущее место фермы, если воды в озере(большое озеро) много то выкапываю 20х10

это придет с опытом

потом клетку которая была между озером и фермой либо застраиваю стеной (Wall) или ставлю шлюз (FloodGate).