Аналогично использую систему с двумя складами. Для сборки урожая хорошо поставить один склад с запретом контейнеров возле самого огорода, куда фермер быстро перенесет все овощи во время уборки, и второй склад с контейнерами и Links only возле кухни/пивоварни. Хотя отмены заданий в момент переноски ящика таки напрягают. Есть правда один плюс - бывает в задании со сборкой через контейнер попадает сразу несколько предметов, то есть дварф за один заход забирает сразу несколько предметов в ящик, вместо того чтобы ходить по отдельности за каждым. Именно для этого я думаю Тоади и сделал всю эту переноску ящиков.
Если фиксить, правильной схемой было бы - ящики всегда остаются на складе и служат только для складирования нескольких предметов в один тайл, вся переноска вещей вручную без использования ящиков. Тогда товары будут оставаться на складах и отмены заданий у мастерских не будет. Чтобы же реализовать переноску нескольких маленьких предметов на склад - дать цивильным что-то вроде сумки для переноса, рюкзака, вместительной тачки или корзины из ивовых прутьев на спину, чтобы они могли собрать в него несколько предметов и перенести на склад. Пусть их нужно будет отдельно шить как бекпаки для вояк, и экипировать их будут только цивильные у которых включены работы по хаулингу.
Еще один нюанс с ящиками и контейнерами - когда складу нужен новый пустой ящик, дварфы бегут за последним пустым освободившимся, не взирая как далеко он находится, или то что рядом стоит склад полный пустых ящиков. Все потому что скорее всего используется стек FIFO, а эффективнее было бы, чтобы склад проводил поиск ближайшего свободного ящика.
Насчет того когда таки что-то исправят и как, судя по блогу Тоади сейчас весь в адвенчур режиме со стелсами и улучшенными армиями, да пилит гигантские деревья.